Αν υπολογίσουμε και τα πρωταθλήματα του "γιατρού" στις κατηγορίες των 125 και 250 κ.εκ., αυτός είναι συνολικά ο ένατος παγκόσμιος τίτλος του. Επίσης, είναι ο τέταρτος (δεύτερος διαδοχικός) με τη Yamaha.
Η εκκίνηση στο MotoGP Μαλαισίας, προτελευταίο αγώνα της φετινής χρονιάς, καθυστέρησε κατά 35 λεπτά λόγω καταρρακτώδους βροχής. Όταν έσβησαν τα κόκκινα φώτα, ο D. Pedrosa έκανε μια από τις συνηθισμένες του εκρηκτικές εκκινήσεις.
Αλλά ο Valentino καθυστέρησε πολύ το φρενάρισμά του προσπαθώντας να μείνει πρώτος, ώστε ανοίχτηκε πολύ στην πρώτη στροφή, βγήκε εκτός γραμμής και έπεσε στη 10η θέση! Ακριβώς πίσω του βρισκόταν ο ομόλογός του και αντίπαλός του για τον τίτλο, Jorge Lorenzo, που είχε αναγκαστεί να εκκινήσει τελευταίος - διότι έπρεπε να πάρει την εφεδρική μοτοσικλέτα και δεν πρόλαβε να παραταχθεί έγκαιρα στην εκκίνηση.
Σύντομα ο Casey Stoner πέρασε τον D. Pedrosa και χάθηκε στον ορίζοντα, με ασύλληπτη διαφορά, για να κερδίσει ξανά μετά το θρίαμβο του Φίλιπ Αϊλαντ. Ο D. Pedrosa δεν μπορούσε να ακολουθήσει το ρυθμό του, ενώ ο Andrea Dovizioso με τη δεύτερη εργοστασιακή Honda έμενε κοντά στον Ισπανό, στην 3η θέση.
Στο μεταξύ, σταδιακά οι δύο αναβάτες της Yamaha ανέβαζαν ρυθμό και έκαμψαν τη σθεναρή αντίσταση των Marco Melandri (Hayate Kawasaki), Nicky Hayden (Ducati), Loris Capirossi (Suzuki) και Toni Elias (Gresini Honda). Ο J. Lorenzo είχε περάσει τον V. Rossi, αλλά στον όγδοο γύρο ο Ιταλός βρήκε περισσότερη αυτοπεποίθηση και πίστη στη μοτοσικλέτα και ανέκτησε τη θέση του μπροστά από τον Ισπανό.
Στους τελευταίους γύρους η προσπάθεια του A. Dovizioso να πιέσει τον D. Pedrosa, όχι τόσο για το αποτέλεσμα αλλά για το γόητρο, είχε ως αποτέλεσμα ο Valentino να προωθηθεί στην 3η θέση και στο βάθρο. Νωρίτερα είχε σφοδρή πτώση -χωρίς να τραυματιστεί- και ο Randy de Puniet (LCR Honda), που επίσης πρωταγωνιστούσε.
Πίσω από τον J. Lorenzo, ακολούθησαν δύο αναβάτες που αποδίδουν εξαιρετικά στη βροχή, ο Nicky Hayden (σε μια από τις καλύτερες επιδόσεις του με τη Ducati) και ο Chris Vermeulen (Suzuki). Την πρώτη δεκάδα έκλεισαν οι Toni Elias (Gresini Honda), M. Melandri, Loris Capirossi (Suzuki) και Mika Kallio (Pramac Ducati).